Der Ursprung der Kirche stammt aus den Anfaengen des IV Jahrhunderts, zur Zeit, als sich der christliche Glaube nach vielen Jahren der harten Verfolgung durchsetze. Nach der Legende wurde die Botschaft des Evangeliums in diese Gegend vom heiligen Markus, der vom Heiligen Petrus entsendet war, getragen. Hier lernte der Evangelist Ermacora kennen und bekehrte ihn waehrend seiner Mission in Aquileia. Ermacora wurde der erste Seelsorger der kleinen christlichen Religionsgemeinschaft, die sehr langsam, wenn auch unter Aengsten und Schwierigkeiten, die Zahl ihrer Angehoerigen vermehrte. Ermacora wurde zusammen mit seinem Diakon Fortunato gefoltert; sie sind, mit der Jungfrau Maria, die Namensgeber der Basilika.

In der Krypta erzaehlen die Fresken die in einem Nebel von Legende gehuellte Geschichte. Die Reliquienschreine bewahren ihre sterblichen Ueberreste auf, die mit denen der anderen Maertyrer von Aquileia verehrt werden: dies sind Ilario e Taziano, Felice und Fortunato, Crisogono, Proto und die Brueder Canziani.


Als die Verfolgungen im Jahre 313 durch das Edikt von Costantino und Licinio endeten, konnte die christliche Religionsgemeinschaft von Aquileia, gefuehrt von Bischof Teodoro, endlich die erste Kirche bauen, wie die Inschrift im Mosaikboden belegt.


Die architektonischen Aenderungen, die in einer Zeitspanne von ueber tausend Jahren aufeinander folgten, und die die erste Kirche von Teodoro in die heutige Basilika verwandelten, sind sehr kompliziert und umfassend und, obwohl die Wissenschaftler lange danach geforscht haben, noch nicht ganz geklaert