Am Ende des III Jahrhunderts nach Christi Geburt erhob sich, in der suedoestlichen Zone der roemischen Stadt, d.h. auf dem heute von der Basilika und ihrer Umgebung belegten Raum, ein Handelsviertel mit Warenhaeusern, Maerkten und Wohnhaeusern. Auf diesem Platz begann im Jahre 313 Theodoro der ersten Kirche. Die bestand aus zwei grossen rechteckigen Saelen: der noerdliche Saal und der suedliche Saal, die parallel zueinander liegen, und die durch einen dritten Saal (dem Verbindungssaal) verbunden waren. Unbedeutendere Durchgangsraeume und Dienstrraeume, sowie das Baptisterium mit einem kreisfoermigen taufbecken, lagen an den Seiten des Verbindungsaals. 
Der teodorische Komplex wurde in der Haelfte des IV Jahrhunderts von einem der folgenden Bischoefe, vielleicht Fortunaziano, voellig veraendert. An der Stelle der teodorischen Kirche wurde ein dreieinhalbmal groesserer Saal gebaut 
Im IX Jahrhundert, der Patriarch Massenzio veranlasste eine radikale Restaurierung. Diesem Eingriff verdanken wir das Querschiff, das der Basilika zum ersten Mal ihren Kreuzgrundriss verlieh, und die Krypta unter das Presbyterium legte. Ausserdem bildete Massenzio auch die Fassade um und restaurierte er das Baptisterium und verband es mit der Basilika durch die sogenannte Heidenkirche. 
Nach etwa zwei Jahrhunderten, in der ersten Haelfte des XI Jahrhunderts, hielt es der Patriarch Poppone fuer noetig, eine erneute Restaurierung vorzunehmen. Er stockte die Aussenmauer auf, erneuerte das Dach, und die Apsis wurde voellig mit Fresken von Figuren einer grossartigen Monumentalitaet und mit klassizistischen Ornamenten von romanischem Einfluss bemalt. Er errichtete auch den Glockenturm, der die Tiefebene des Friaul beherrscht.
In der zweiten Haelfte des XII Jahrhunderts verschoenerte der Patriarc Voldorico von Treffen die Krypta von Massenzio mit einem Freskenzyklus. Dies ist die groesste romanisch - byzantinische Gemaeldefolge der Region und sie ist eine der wichtigsten Nord - Italiens

Von Mittelalter bis zum letzten Jahrhundert reicht, hat die Basilika viele, aber weniger wichtige, Anbauten, erhalten. Stehen die Kappelle der Torriani, die Kappelle von Sankt Peter, die Kappelle des Allerheiligsten oder des Heiligen Ilario und die Kappelle des Rosenkranzes. Ausserdem liegt der Sarkophag des XIV jahrhunderts wahrscheinlich ein Werk von Filippo de Sanctis.